В Союзе Атарбеков пробыл до февральской революции. Затем - участие в свержении старых властей и установлении советской власти. Георгий Атарбекян был членом Сухумского окружного военно-революционного комитета и заместителем председателя военно-революционного комитета Абхазии.
Осенью 1918 года занимал пост заместителя председателя ЧК в Пятигорске. <ref>Именно здесь произошли революционные «подвиги» Атарбекова. По его приказу были расстреляны и зарублены без суда и следствия свыше 1000 заложников за один только раз. <ref>Среди погибших в тот раз от рук чекистов были министры Н.А. Добровольский и С.В. Рухлов, князья Николай, Федор и Сергей Урусовы, Владимир и Леонид Шаховские, около 50 генералов и полковников. Были зарублены прославленные генералы от инфантерии - Радко Дмитриев (национальный герой Болгарии) и Н.В. Рузский (бывший главнокомандующий Северным фронтом), которые лечились на Кавказе. Тогда погибли священник и три женщины, одна из них - литератор Эльза Полонская. В ЧК, руководимой Атарбековым в Пятигорске, применялись порки и подобного рода «пресечения». Тюрьма была переполнена.</ref>
В конце 1919 года он появился в Астрахани и 1 февраля был зачислен в число сотрудников политотдела РВС Каспийско-Кавказского фронта. В конце того же месяца организовали Временный военно-революционный комитет Астраханского края (председатель С.М. Киров), который подчинялся Реввоенсовету фронта. Это был своего рода карательный орган, призванный навести порядок. Рабочие устраивали забастовки, одна из них перешла даже в восстание, жестоко подавленное ЧК. До 1500 человек в возрасте от 25 до 42 лет были расстреляны. Кровавая расправа происходила по приказу Особого отдела, которым командовал «железный Геворк». <ref>К началу апреля насчитывалось 4000 жертв, погибших от рук Атарбекова. Расстреливал и собственноручно. Жестокость чекиста, который хвалился, что подчиняется только Кирову, не знала пределов и порождала легенды. Окруженный телохранителями из своих земляков, он наводил ужас на мирное население. Не брезговал ни чем. Особенно любил «блестяще» раскрывать мнимые заговоры.</ref>
Злоупотребление властью и служебным положением, провокационные действия Особого отдела, возглавляемого Атарбековым, грубое попрание человеческих прав, многочисленные аресты, как отмечалось в одном из документов того времени, возмущали население. Самоуправство «железного Геворка», которого сравнивали с «восточным царьком», приобрело настолько скандальный характер, что его по ультимативному требованию Ударной коммунистической роты, во главе которой стоял большевик Аристов, отстранили от должности. Постановление об этом приняли в конце июля 1919 года, а 4 сентября того же года чекист под конвоем был доставлен в Москву. Его дело рассматривалось довольно долго. Специальная комиссия ЦК установила «преступность Атарбекова и других сотрудников Астраханского Особого отдела». Для окончательного приговора материал следствия передан в ЦК РКП (б). Спасли чекиста от наказания влиятельные покровители - [[Камо]], Орджоникидзе и Сталин, которые не только его оправдали, но и повысили в должности.
Когда Мамонтов, прорвав фронт, шел к Москве, Атарбеков по рекомендации Ленина возглавил Особый отдел фронта. В помощь была выделена группа чекистов и даны чрезвычайные права в зоне действия, вплоть до смещения с должностей, в случае необходимости, работников всех рангов, независимо от занимаемых постов, даже революционный трибунал подчинялся Атарбекову. <ref>В партийной литературе приводится немало эпизодов из его жизни. Один из них наиболее показателен. Итак, чекист пополнял свой отряд московской молодежью. Отобрав самых достойных, они с Камо решили устроить будущим бойцам экзамен. Подняв отряд по тревоге, Камо вывез новобранцев на грузовике в лес. Там были инсценированы захват отряда белогвардейцами, допрос и смертная казнь через повешение. Допрашивал и «приводил приговор в исполнение» Атарбеков, переодевшийся в белогвардейскую генеральскую форму. Узнав о таком «эксперименте», Ленин пожурил его организаторов.</ref>