Церковь образовалась на основе крещеных в 303 году кавказских албанцев. В 551 году образовался отдельный, независимый от армянского Албанский католикосат (называвшийся еще католикосом Чола, по имени города в Дербенте, где находилась его резиденция). В 630 католикосат был перенесен в город Кабала, а с 1240 в монастырь Гандзар (в Карабахе), после чего католикоса стали еще называть Гандзарским. В 1815 армянский католикос добился у царских властей упразднения Албанского (Агванкского, Алуанкского) католикосата и его приходы были поделены на Адербеджанскую и Арцахскую епархии Эчмиадзинского католикосата. Потомки христиан-албанцев, составлявшие верующих этой епархии стали самостоятельной нацией - удинцами, которые сейчас проживают преимущественно в Азейбарджане и Армении.
св*Св. Шупхалиша*Маттеос*Сахак*Мовсес I*Панд*Лазар*Григорсв*Св. Иовхан*Иеремия*Тер-Абас (551-595)*Виро (595-629)*Захария I (629-644)*Тер-Оганян (Иоанн) I (644-671)*Ухтанес (671-683)*Тер-Елиазар (683-689)*Нерсес I Бакур (689-706) (попытался перейти в православие, после чего церковь временно потеряла автокефалию)*Симеон I (706-707)*Тер-Михаил (707-744)*Анастас (Анастасий) I (744-748)*Иосиф I (Овсеп) (748-765)*Давид I (765-769)*Давид II (769-778)*Маттеос (Матфей) II (778-779)*Мовсес (Моисей) I (779-781)*Аарон (781-784)*Соломон I (784)*Теодорос (Феодор) (784-788)*Соломон II (788-789)*Иоанн (Ованес) II (798-823)*Моисей II (824) Давид III (824-852)*Мовсеп (Иосиф) II (852-877)*Самуел (877-894)*Ховнан (894-902)*Симеон II (902-923)*Давид IV (923-929)*Сахак (Исаак) (929-947)*Гагих (947-958)*Давид V (958-965)*Давид VI (965-971)*Петрос (971-987)*Мовсес III (987-993)*Марк (993-?)*Иосиф III*Марк*Стефан I -1079)*Иоанн III (1079-1121)*Стефан II (1129-1131)*Григорий I (ок.1139)*Бежген (ок.1140)*Нерсес II (1149-1155)*Стефан III (1155-1195)*Иоанн IV (1195-1235)*Нерсес III (1235-1262)*Стефан IV (1262-1323)*Сукян и Петр II (ок.1323-1331)*Захария II (ок.1331)*Давид VII (?)*Карапет (1402-1420)*Иоанн V (ок.1426-1428)*Матфей II (ок.1434)*Атанас II (1441-?)*Григорий II *Иоанн VI 1470)*Азария (?)*Фома (ок.1471)*Аристакес I (?)*Стефан V (ок.1476)*Нерсес IV (ок.1478)*Шмавон I (ок.1481)*Аракел (1481-1497)*Матфей III (ок.1488)*Аристакес II (1515-ок.1516)*Сергий I (Саркис) (ок.1554)*Григорий III (ок.1559-1574)*Петр III (1571)*Давид VIII (ок.1573)*Филипп (?)*Иоанн VII (1574-1584);*Давид IX (ок.1584)*Анастасий II (ок.1585)*Шмавон II (1586-1611)*Аристакес III Колатакци (ок.1588)*Мелкисет Арашеци (ок.1593)*Симеон III (ок.1616)*Хованнес (Иоанн) IX Хасан-Джалалеан (1632-34)*Григор III Хасан-Джалалеан (1634-1653)*Петр IV Хондзакский (1653-1675)*Симеон IV Хоторашенский (1675-1701)*Еремия II (Хасан-Джалалеан)(1676-1701)*Есайи (Исаия) (Хасан-Джалалеан) (1702-1728)*Нерес V (1706-1736)*Израэль I (анти-католикос) (1728-1763)*Нерсес VI (1763)*Хованнес (Иоанн) X (Хасан-Джалалеан/Гандзасарский) (1763-1786)*Симеон V Хоторашенкский (1794-1810)*Саркис II (Сергий) (Хасан-Джалалеан/Гандзасарский) (1810-1815)