В 1874г. рукоположен в иереи, являлся монахом [[церкви Могни]] Тифлиса и игуменом скита Кусанац.
Католикосы Всех Армян [[ГеворгIV]], [[Макар I Тер-Петросян|Макар I]], [[Мкртич I Ванеци]] наградили А.Багратуни нагрудным и архимандритским крестами, камилавкой.
На протяжении 40 лет он учительствовал в Тифлисе – в приходских училищах Ванка, Могни, Норашена, в частных реальных школах [[Амирагяна]], [[Тавакаляна]], [[Мелик-Бегларяна]], в прогимназиях Ерецпохяна, Мандиняна, Мартиновского, в школах Кориева, Гаянян, Ареставорац и [[Нерсисян]].