Родился в Армении в 1920 году в селе Вагашен Мартунинского района.
Выросший без отца, в 1937 году Мхитар Багдасарян с отличием окончил школу и в том же году поступил на исторический факультет [[Ереванский государственный университет|Ереванского Государственного Университета]].