Эммануил (Манук) Магдесян родился в семье Акопджана (Яков) и Гаяне Магдесян в Армянском Базаре (ныне - Армянск, Крым, Украина) в 1857 году.
Через всю его жизненную и творческую судьбу, как учитель и наставник, прошел И.К. Айвазовский. Мать художника была в близком родстве с семьей Айвазовских. Иногда при поездках в Петербург И.К. Айвазовский по дороге останавливался в Армянском Базаре и посещал их дом. При этом он внимательно рассматривал рисунки юного Эммануила и советовал ему начать работать масляными красками. Вскоре Эммануил получил от И.К. Айвазовского посылку с набором кистей и масляных красок. Одновременно в письме он советовал трудиться ежедневно и готовиться к поступлению в Академию художеств.
*Магдесян Л. М. Эммануил (Манук) Магдесян [1857-1908]. Ер., 1982
*Эммануил Магдесян: [Художник-моринист] / Л. М. Магдесян, Б. А. Зурабов. М., 1987