После установления Советской власти Т.П. Мушегян был назначен заместителем комиссара просвещения.
В 1921 г., когда был создан Госуниверситет во вновь открытом Госуниверситете Армении, он организовал кафедру физиологии животных и человека, преподавал физиологию, диалектику природы и методику естествознания.
Разносторонне образованный человек с многогранными интересами, политически активный (член ВКПб ВКП(б) с 1926 г.) деятель армянского народного образования, Тигран Петрович с 1933 г. был назначен ректором Университета, где и трудился до конца своей жизни со свойственной ему энергией и энтузиазмом.
==Разное==
*Умер Тигран Петрович Мушегян 21 апреля 1935 после тяжелой операции.
*Похоронен в [[Пантеоне парка им. Комитаса|Пантеоне парка им. Комитаса]].*Память о нем сохраняется в кабинете истории Университета Армении и в Музее истории города Еревана. В 1973 году его именем была названна кафедра физиологии животных и человека ЕГУ.
*Один из организаторов пионерской организации в Армении.