С 1958 - работает в Институте истории естествознания и техники АН СССР.
С 1975 - заведующий сектором истории биологических наук. Руководил отделом истории химико-биологических наук ИИЕТ РАН вплоть до самой смерти 12 сентября 2014 года.
==Сочинения==
Перу Э.Н. Мирзояна принадлежит множество книг и статей, включая такие монографии как «Развитие учения о рекапитуляции» (1974), «Развитие основных концепций эволюционной гистологии» (1980), «Развитие сравнительно-эволюционной биохимии в России» (1984), «Этюды по истории теоретической биологии» (2001), «Николай Иванович Вавилов и его учение" (2007) и многие другие.
Автор работ по истории биологии в ХХ в., ряда очерков о развитии науки в СССР, включенных в "Историю КПСС" (1970).