Через четыре года после окончания войны снова оказался в лагере, на этот раз в советском, в Сибири. <ref>Он даже месяц отсидел в камере смертников. Рассказывал, что в стене камеры была прорезь, куда как раз помещалось дуло пистолета, — могли пристрелить в любой момент. Но по какой-то причине так и не пристрелили, а поменяли приговор на 25 лет лагерей.</ref> В сибирском лагере спасся благодаря тому, что был врачом: пришлось сидеть вместе с уголовниками, которые ценили умение лечить.
Отсидев семь лет, 41-летний доктор Хачатрян вернулся в 1956 году в Ереван — там, в Армении, до войны у него была семья. Он вернулся и женился второй раз. Потом рассказывал, что И спустя Спустя годы потребовал, чтобы его дети, сын и дочь, тоже стали врачами — единственное, что сможет спасти, если вдруг что-то опять начнется.
После освобождения из лагеря начал новую жизнь. В 53 года году защитил диссертацию. А реабилитировали его в середине 1960-х, хотя военное звание так и не восстановили. И еще он никогда не вступал в партию. Ему говорили: {{Цитата|“Становись коммунистом, и будешь главврачом”. Он отвечал: “Спасибо, я буду работать в поликлинике”».}}
Арутюн Хачатрян умер в возрасте 70 лет. Последние годы, как рассказывает дочь, он был сердечником: {{Цитата|«Я его уговаривала не пить, не курить, потому что это вредно, а он отвечал, что считает эту жизнь бонусом. И никогда не жаловался, не был обижен. Только иногда просыпался с криком. Я спрашивала: “Что такое?” А он отвечал: “Опять за нами немцы с собаками бегут…”»}}