В 1954 году вернулся в Ростовскую область уже опытным, оперирующим хирургом. Он направляется в Целинский район главным врачом и хирургом районной центральной больницы.
В 1965 году Президиумом Верховного Совета К.К. Атояну присвоено звание «Заслуженный врач РСФСР». Его награждают орденом Трудового Красного Знамени. Он - хирург высокой квалификации и организатор здравоохранения высшей категории.
В 1971 году приказом Облздравотдела Карпа Киракосовича переводят на должность главврача горбольницы N 6.