В начале января 1878 Лазареву было поручено провести операцию против селений Вана и Муша, в округах которых собирались для помощи осажденному Батуму большие силы курдов. Генерал выступил в Ванский санджак и в нескольких столкновениях рассеял всех курдов. Когда командующему кавказским корпусом генералу [[Лорис-Меликов Михаил Тариэлович|М. Т. Лорис-Меликову]] пришлось покинуть театр боевых действий, преемником его был назначен Лазарев. Эту должность генерал занимал и по окончании войны.
В 1879 Лазарев был поставлен во главе экспедиционного отряда, назначенного для усмирения туркменов в оазисе Ахал-Теке. К концу июля того же года войска были сосредоточены в Чикишляре. Осмотрев войска, генерал выслал авангард для подготовки путей и спусков к рекам Атреку и Сумбару, а сам занялся устройством артиллерийских и провиантных складов, приобретением перевозочных средств для обоза. Непосильные заботы, давно уже подтачивавшие здоровье, вызвали острый приступ болезни.