С 1899 по 1903 гг. служил инспектором [[Эчмиадзинской семинарии]], как педагог, проповедник, администратор, блестящий ученый и публицист приобрел всеобщую известность и широкую популярность.
25 февраля 1895 г. получил сан архимандрита, в 1897 г. кондаком Католикоса [[Мкртич ХримянI Ванеци|Мкртича Хримяна]] - нагрудный крест, а в 1899 г. - Его Святейшества черную фелонь с набивными цветами.
В 1903 г. Тер-Мкртчян был назначен викарием главы Ереванской епархии. Во время резни архимандрит Карапет, держа в руке крест примирения, часто находился в самых опасных местах, читал проповеди согласия, непосредственно связался с знаменитыми турками Еревана и Нахичевана, добился умиротворения двух народов, развернул достойную признательности самоотверженную пастырскую деятельность.