В 1843г. был назначен инспектором и старшим учителем [[Эчмиадзинского духовного училища]], рукоположен в архимандриты, возглавлял епархию в Татеве до 1845г.
В 1846г. Католикос Всех Армян [[Нерсес V]] назначил его первоприсутствующим Тифлисской епархиальной консистории, а в 1848г. – директором [[Нерсесяновское училище|школы Нерсисян]].
В начале 1850-х Карапет Шахназарян переехал в Константинополь, где стал проповедником армянской церкви в Галатии и Хасгюхе.