С 1980 - заведующий кафедрой медицинской биофизики Московского физико-технического института.
С 1984 - продолжал работать заведующим отделом Института химической физики АН СССР до образования Центра теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН. В 1984 г. НИИпоБИХС был разогнан за многочисленные нарушения в финансово-хозяйственной деятельности; Пирузян был уволен с поста директора института.
С 1998 - заведующий отделом теоретических проблем физиологической химии в Институте химической физики имени Н.Н. Семёнова РАН.