В 1916г. вместе с шестью церковниками был изгнан в [[монастырь Сурб Акобянц Иерусалима]], где жил уединенно до 1921г.
В том же году решением Патриаршего собрания избран членом монастырской братии монастыря Сурб Акобянц, а также председательствовал на Общем монастырском собрании, на котором Иерусалимским армянским Патриархом был избран архиепископ [[Дурян Егише|Егише Дурян]].
С 1921г. до конца жизни М.Агавнуни вел должность патриаршего викария и председателя Распорядительного собрания.