С 1985 - в Институте проблем передачи информации РАН, где заведовал Лабораторией компьютерной лингвистики (1989-1994).
С 1990 - основным местом работы Ю. Д. Апресяна является Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН, где он заведует сектором Сектором теоретической семантики (с 1994).
В 1990-х - читал лекции в России (МГУ), Австралии, США, Германии.
В течение многих лет Ю. Д. Апресян руководит семинаром «Теоретическая семантика», ставшим одним из главных центров лингвистической жизни Москвы.
Главный научный сотрудник ИППИ (Института проблем передачи информации) РАН.