В октябре-ноябре 1991 Г.Г. Меликьян был приглашен в «команду Гайдара». Г.Г. Меликьян отказался от этого приглашения и перешел на работу в Международный фонд экономических и социальных реформ<ref>Фонд «Реформа», он же «Фонд Шаталина», названный так по имени своего президента академика Станислава Шаталина. Фонд активно разрабатывал концепцию экономических и социальных реформ, в том числе концепцию приватизации таких крупных предприятий, как Магнитогорский металлургический комбинат.</ref> В конце 1991 он стал вице-президентом фонда, вошёл в состав его правления.
==Министр труда==
В июне 1992 – Меликьян вошёл в правительство Гайдара.
12 декабря 1993 - депутат Государственной Думы по списку партии (шел в нем под номером шесть). В Думе вошел во фракцию ПРЕС, а 22 июня 1994 года был включен в состав комитета ГД по труду и социальной поддержке (депутаты Госдумы первого созыва имели право совмещать парламентские полномочия с постами в правительстве). Накануне и сразу после думских выборов представители российского профсоюзного движения выступали с критикой деятельности Министерства труда РФ и его главы, обращались к президенту Ельцину с просьбой об отставке Меликьяна. Однако Меликьян сохранил свою должность.
==Министр труда и социального развития==
14 августа 1996 года Меликьян вошел во вновь сформированное правительство и занял пост министра труда и социального развития РФ. В сентябре 1996 указом президента России был включен в состав президиума правительства России. 28 марта 1997 решил подать в отставку с поста министра труда и социального развития РФ. Меликьян покинул свою должность 3 апреля того же года, спустя неделю после «Всероссийской акции протеста профсоюзов». Он решил бороться за мандат депутата Госдумы на довыборах по 145 Ростовскому округу.<ref>Депутатом от этого округа был Сергей Шахрай, назначенный Ельциным представителем президента в Конституционном суде и потому покинувший Госдуму.</ref>
Однако выборы Меликьян проиграл и вновь вернулся на государственную службу.
==Топ-менеджер российских банков==
В 1997 - он был назначен заместителем председателя правления Акционерного коммерческого Сберегательного банка Российской Федерации. На этом посту он оставался до 2003 год включительно.