В 1904г. был следователем дел Шамахинской епархии, председателем комиссии по орошению монастырских земель, в 1906г. – председателем комиссии по благоустройству монастырских поместий.
9 декабря 1913г. был назначен председателем редакционной комиссии официального органа Св.Престола [[Арарат (Журнал)|журнала «Арарат»]], а затем и редактором.
Бабкен Агавелян 27 декабря 1915г. заразился сыпным тифом и 3 ноября 1916г. скончался.