Карьеру начал в 1988 году в ереванской Ереванской «Искре». В следующем сезоне перешёл в «Арарат». Первый сезон выступал в молодёжном составе, а дебют в основном составе состоялся в 1990 году. Этот матч оказался единственным в том сезоне.
В первом чемпионате Армении стал первым обладателем титула лучшего бомбардира, забив в чемпионате 1992 года 38 мячей. Этот показатель в чемпионате 1994 года преодолел Арсен Аветисян (39 мячей)[1]. В «Арарате» Ягмурян завоевал чемпионство и кубок Армении. Именно в «Арарате» Ягмурян состоялся как игрок.