В сезоне 1995-1996 играл за эстонскую Флору, в чемпионате Эстонии провел 11 игр, забил 6 мячей.
В 1998 году перешёл в «Пюник», находящийся на тот момент в кризисном состоянии. В том сезоне Ягмурян забил 100-й мяч в Высшей лиге. В середине сезона 1999 года покинул «Киликию» и перешёл в «Ереван», однако и здесь Ягмурян не задержался. «Ереван» в конце 1999 года был расформирован. Новый сезон Ягмурян начал в капанском «Лернагорце». Карьеру профессионального игрока закончил в абовянском «Котайке» в возврасте 30-ти лет.