Возвратившись в 1902 году в Тифлис, Агаронян до 1905 года заведовал литературным отделом редакции [[газеты «Мурч»]].
1907 - принял участие в созванном в Голландии Конгрессе мира, которому представил требования армян относительно решения армянского Армянского вопроса.
В мае 1909 года по т.н. «делу Дашнакцутюна» Агаронян был арестован и заключен в тюрьму. Об его освобождении ходатайствовали перед премьер-министром России Столыпиным видные деятели европейской культуры А.Франс, Ф. де Пресансе, В.Берар и др.