В 1988 г. институт был закрыт, студенты армянского и русского отделений переведены в Кироваканский педагогический институт (студенты азербайджанского отделения — в Кировабадский), однако спустя несколько недель, после Спитакского землетрясения, были вынуждены вернуться в Степанакерт, где вуз был восстановлен под именем Степанакертского филиала Кироваканского педагогического института.
В 1992 г. на базе степанакертских филиалов Кироваканского педагогического института и Государственного инженерного университета Армении был образован Нагорно-Карабахский (Арцахский) государственный университет.