С 1996 - на пенсии. Жил в городе Жуковский Московской области, в Москве.
Закончив летную карьеру, Эдуард Ваганович переселился в Ростов, оставив свою квартиру в Москве. З<ref>десьЗдесь, в кругу любящих людей, наконец он обрел семейное счастье и уют. Он обожал охоту, рыбалку, любил путешествия на автомобиле. В 82 года он за рулем совершил поездку к друзьям в Москву, затем в Нижний Новгород и Саратов, преодолев три с половиной тысячи километров. Он очень любил жизнь, во всех ее проявлениях, и эту черту сохранил до последних дней.</ref>
Эдуарда Вагановича не стало 6 апреля 2009 года. Подвело сердце, вынесшее столько перегрузок.