Храм был построен на средства известной нахичеванской благотворительницы [[Аладжалова Акюлине Погосовна |Акюлине Погосовны Аладжаловой]]. <ref>На ее средства были также построены приют для нищих на армянском кладбище, богодельня.</ref> Здесь же, под юго-западной стеной церкви покоится сама госпожа Аладжалова. На мраморном памятнике в форме национального клобука с украшениями золотая надпись: {{Цитата|"Здесь покоится прах благородной госпожи Акюлине Погосовны Аладжалян, урожденной Хатраян, скончавшейся 3 сентября 1871г. в возрасте 62 лет".}}
18 января 1875 г.в Нахичеванскую Городскую Управу душеприказчики [[Иван Хатранов|Иван Хатранов]], [[Христофор Титров|Христофор Титров ]] и [[Аджемов Николай Никитич|Николай Аджемов ]] по завещанию покойной дворянки Акюлине Аладжаловой направили прошение следующего содержания: “ Покойная дворянка Аладжалова в духовном завещании своем, утвержденном Таганрогским окружным судом 26 ноября 1871 г., между прочим, сделала следующее распоряжение: из сосредоточенного в банке капитала моего с наросшими процентами три части я определяю: а) на сооружение при армянском соборном кладбище каменной церкви во имя св.Иоанна Крестителя и при ней деревянного посетительского дома и при этих зданиях колодца, б) на постройку здесь же, при кладбище, нескольких деревянных домиков для жительства… армянских семейств”. Далее в прошении отмечалось, что, так как кладбище и по сей день не имеет церкви, душеприказчики обращаются в городскую управу с просьбой разрешить этот вопрос.
Решив его положительно, городской голова 29 января 1875 г. обращается к [[Геворг V Тпхисеци Суренянц|Католикосу Геворгу V ]] и в Губернское правление за разрешением на сооружение означенной церкви.
==Архитектура==