По возвращении на Кавказ участвует в гражданской войне в Армении, в частности в Зангезуре.
После создания Армянской Красной армии назначен начальником ее политуправления и заместителем министра обороны наркома по военным делам ССР Армении.<ref>Кадишев А.Б. Интервенция и гражданская война в Закавказье. М., 1960, с. 333</ref>
В конце 1920 г., по поручению Кавказского бюро ЦК РКП(б), И. Лазьян возглавил штаб повстанцев в г. Караклис (ныне Ванадзор) по организации восстания в так называемой «нейтральной зоне» между Арменией и Грузией (район Борчалу - Лори), в которую меньшевистское правительство последней ввело свои войска.