В 1861 г. В. Аршакуни в очередной раз сделал пожертвование (500 руб.), на этот раз в пользу школы и типографии, основанной в Варагском монастыре усилиями Хримяна Айрика. В сообщении от 1866 г. указано, что дом Аршакуни был самым красивым в Тифлисе: "В 1836 г. самыми видными в Тифлисе считались дом наместника, штаб Кавказского войска, дом солдат, старая Нсрси-сянская семинария, дома военного и городского губернаторов, а сейчас есть такие постройки в европейском стиле, которые превосходят их, со дня на день их все больше и больше, в особенности дом потомственного почетного гражданина Вардана Аршакуни, который является первым в Тифлисе ...". Вардан Аршакуни умер в 1862 г. Согласно оставленному им завещанию, более 500 тысяч руб. должно было быть предоставлено какому-либо училищу, которое должны были открыть для сирот и бедных детей.