*Отец - армянин, [[Алиханян Геворк Саркисович|Алиханян Геворк Саркисович]], работник Коминтерна, расстрелян 13 февраля 1938 года. *Мать - еврейка Боннэр Руфь Григорьевна, коммунистка, арестована 10 декабря 1937 года, а 22 марта 1938 года приговорена к 8-ми годам ссылки.
*Родители Боннэр были реабилитированы в 1954 году.
*У Боннэр двое детей в дочь Татьяна (1950) и сын Алексей (1956). С их отцом, Семеновым Иваном Васильевичем, в разводе с 1965 года.