С 1975 г. - проректор по научной части ЕрМИ.
В.Г. Аматуни много лет был главным аллергологом, а затем главным пульмонологом МЗ АрмССР и руководителем пульмонологического центра. Принимал активное участие в организации подземной спектротерапевтической лечебницы в Аванском солерудиике.