С 1961 г. - декан факультета усовершенствования врачей ЕрМИ.
С 1962 г. - заведующий кафедрой торакальной хирургии и анестезиологии [[Национальный институт здравоохраненияИнститут Здравоохранения им. академика С.Х. Авдалбекяна|Национального института здравоохранения]].
С 1963 г. по 1988 г. был основателем и первым ректором Ереванского ГИУВа, которым руководил в течении 25 лет.
*С.Х. Авдалбекян был членом Ереванского горкома партии, депутатом городского совета.
*Под его руководством защищены 12 докторских и 40 кандидатских диссертаций.
*Его именем назван Национальный институт здравоохранения.