*Осуществил комплексное исследование двуединого консенсусно-конфликтного феномена внутрицивилизационного и межцивилизационного конфликта. Всесторонне проанализирована роль церковно-конфессиональной деятельности в формировании консенсусных предпосылок для этнополитического регулирования межцивилизационных контактов на примере 2 цивилизационных систем: христианства и ислама. Интерес представляет анализ специфики применения методик полевого политологического и политико-социологического исследования консенсусно-конфликтного потенциала отношений вооруженной конфронтации между субъектами тотальной войны и джихада в Афганистане с последующей разработкой и применением сценариев достижений «вооруженного консенсуса».
*Известно, что как в международных отношениях, так и в области военной науки, в системе создания вооруженных сил в XX веке доминировали две сверхдержавы - СССР и США. Они были законодателями и в области военной науки, не только политической, но и военной стратегии и тактики. Генерал Гайк Котанджян - один из тех редких ученых, которым посчастливилось пройти обе эти школы. Он хорошо знаком с теоретическими разработками и научными школами Российской Федерации, США, НАТО и Европы. Он прошел системную подготовку по политологии безопасности, что дало ему возможность синтезировать знания, полученные в ведущих российских военно-политических школах, таких как Центр методологии международных исследований Дипломатической академии МИД СССР-РФ, кафедра военной политики Военной академии Генерального штаба ВС России, Российская академия управления при президенте РФ. Гайк Котанджян - член Научно-экспертного совета Организации Договора о коллективной безопасности - ОДКБ. Он, будучи выпускником западных престижных центров стратегических исследований, также хорошо знаком с Европейским центром им. Джорджа Маршалла, РЭНД-корпорейшн, Национальным университетом обороны США, Школой государствоведения им. Джона Кеннеди Гарвардского университета. В этих двух известных, хотя и противоположных школах, он усвоил все то, что могло быть полезным и применимым в независимой Армении для формирования и развития армянской военной науки, создания армянских вооруженных сил. Свои знания и накопленный большой опыт он поставил на службу укрепления национальной безопасности Республики Армения.
*В 2007 году Президент Республики Армения утвердил первую в истории армянскойгосударственности Стратегию национальной безопасности, которая была разработанаМежведомственной комиссией под председательством тогдашнего министра обороны РА Сержа Саркисяна (ныне Президент РА). А доктор Гайк Котанджян был назначен научным руководителем межведомственной разработки Проекта стратегии национальной безопасности. Возложение важной обязанности научного руководства столь многосложным процессом, не имевшим прецедента, на генерала Котанджяна было вполне закономерным. Он один из немногих специалистов в области политологии национальной безопасности, который внес весомый вклад в формирование и развитие этого нового направления науки в Республике Армения.
*Доктор Гайк Котанджян - исследователь широкого профиля и автор многих ценных работ. Он одним из первых приступил к разработке такой сложной и малоизученной проблемы, как цивилизационный аспект национальной безопасности. Его перу принадлежит монографическое исследование «Военная политика Республики Армения» – первая работа по данной теме в истории независимой Армении. Труды доктора Гайка Котанджяна спроецированы на геополитические и военно-политические реалии южнокавказского-ближневосточного региона с учетом особенностей внешней политики России, США, НАТО, ЕС и их стратегических и экономических интересов, что в значительной степени помогает более полному пониманию проблем, стоящих перед народами и государствами указанного региона.