Стал Католикосом в довольно сложное для Армении время, когда начались антиперсидские восстания. Мовсес II Егивардци, был избран в 574 году. Как и его предшественники, император Византии Юстиниан пытался насильно обратить армян в халкидонство, однако встречал упорное сопротивление со стороны Католикоса Мовсеса II.
Пытаясь добиться раскола внутри Армянской Церкви, Юстиниан в византийской части Армении назначил своего Католикоса, резиденция которого расположилась в Аване. Назначенцем византийцев стал Ованн Багарандци , - был избран антипатриархом в греческой Армении в 590 г.
Но Мовсесу II удалось стойко держаться на своих позициях и не допустить раскола в Церкви. Мовсес скончался в 604 г.