В 1989 году после второго инфаркта и коронарного шунтирования ушел из Вооруженных сил, но остался в Армении.
В июне 1992 года по просьбе первого министра обороны Армении [[Саркисян Вазген Завенович|Вазгена Саркисяна]] Анатолий Зиневич прибыл в Арцах.
В 1994 г. был назначен начальником главного штаба Армии обороны НКР, а с мая 1997-го по август 2000-го занимал должность замминистра обороны РА. Лично участвовал в боевых операциях. Ему принадлежит создание систем оперативной защиты и руководства Армии Обороны НКР.