Учился в духовной школе (1872—1881), русском реальном училище (1881 — -1884) г. Шуши.
В 1884 уехал в Баку, в 1886 — во Францию.
Воздействие на творчество Агаджаняна произвело реалистическое искусство Г. Курбе.
В 1921 Агаджанян переехал в Ереван и в 1922— 1922-1929 преподавал живопись в [[Художественно-промышленном техникуме]] (ныне Художественное училище им. П. Терлемезяна).