Однако, император России Александр III, мотивируя различными обстоятельствами, утвердил второго кандидата - [[Макара I]].
В 1888 г. Мурадянц отказался от должности главы епархии Смирны, уехал в Константинополь, стал проповедником [[церкви Гатыгюха]], а также преподавал в [[Армянская школа "Кедронакан" (Стамбул, Турция)|училище Кедронакан]].
После тяжелой болезни архиепископ Мелкиседек Мурадянц скончался 12 (25) июля 1903 г. и похоронен в притворе [[церкви св. Степаноса]].