Родился в городе Игдир. Начальное образование получил в епархиальной школе Игдира.
1886 - окончил [[Духовная семинария Геворкян|семинарию Геворкяна]] в Эчмиадзине. Затем вел преподавательскую работу.
Во время резни армян в 1894-1896 годах участвовал в оказании помощи беженцам, прибывшим в Сурмалинский уезд. Агаронян учился в Лозаннском университете (Швейцария), затем в течение года слушал лекции в Сорбоннском университете (Париж).