Он заступил на кафедру неврологии в Бостонском университете в 1986 году. Он является профессором неврологии и директором отделения сосудистой неврологии в Бостонском университете, и содиректор "Stroke" службы в Бостонском медицинском центре.
Он был пионером в изучении цереброваскулярных расстройств, таких как инсульт. Принял участие в более чем 20 клинических исследований.
Доктор Бабикян читал лекции в крупнейших медицинских научных центрах во всем мире, провёл более чем 100 заочных лекций. Он является одним из редакторов журнала Сканирование мозга [1] «Journal of Neuroimaging».