В 1936 г. Гоян начал преподавать в ГИТИСе на кафедре истории русского театра. Параллельно в 1938 г. он окончил Институт красной профессуры литературы, искусства и языка, а в 1939–1941 гг. работал главным редактором в издательстве «Искусство». Здесь в 1939 г. вышли (на правах рукописи) первые работы Гояна о русском театре: «История русского театра 17, 18 и 19 веков» (рабочая программа для теавузов и театральных училищ) и «Путь развития русского театра» (о преподавании истории русского театра). В том же году в Институте философии, литературы и истории он первым из театроведов защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата искусствоведческих наук, посвященную выдающейся актрисе Малого театра Г. Н. Федотовой. Эта работа была издана в 1940 г. под названием «Гликерия Федотова. Жизнь и творчество великой русской артистки» с предисловием [[Немирович-Данченко Владимир Иванович|В. И. Немировича-Данченко]] (второе издание вышло в 1948 г.).
В годы Великой Отечественной войны Гоян вел большую организационную работу в качестве заместителя председателя Всероссийского театрального общества. В 1942 г. по инициативе и под руководством Гояна при ВТО был создан кабинет национальных театров народов СССР, призванный укреплять творческие связи между национальными сценическими культурами. Вскоре появились первые публикации Гояна по этой теме: книга «Театр, рожденный Октябрем. История таджикского драматического искусства» и статьи «Расцвет национальных театров Советского Союза» и «Национальные театры в дни Отечественной войны». Тогда же Гоян принял самое активное участие в организации VI Всесоюзной шекспировской конференции и фестиваля в Ереване, а затем в создании [[Ереванский государственный институт театра и кино|Ереванского театрального института]], в котором потом преподавал до 1949 г.
За годы войны окончательно определилась область научных интересов Георга Иосифовича — национальный театр. Это было совершенно новое направление в театроведении. В 1945 г. Гоян возглавил группу истории театра народов СССР в только что созданном Институте истории искусств Академии наук СССР (сектором театра руководил [[Дживелегов Алексей Карпович|А. К. Дживелегов]]). По плану института Гоян работал над монографией «Театр народов СССР» (не опубликована), писал статьи, готовил докторскую диссертацию о древнем и средневековом армянском театре. В 1947 г. он пытался организовать в Ереване празднование 2000-летия армянского театра (по аналогии с 1000-летием эпоса «Давид Сасунский», широко отмечавшимся в 1939 г.), но безуспешно.