С 1935 преподавал по совместительству на Востфаке ЛГУ.
Арестован 5 февраля 1938 г. Приговор: 5лет 5 лет ИТЛ, освобождён в 1945. Реабилитирован в 1956 г. Дело пересмотрено и прекращено за недоказанностью обвинения. <ref>"Арестован 5 февр. 1938, приговорен к 5 годам ИТЛ и отправлен этапом 21 июля 1938 в Пермскую обл. По отбытии срока освобожден из заключения не в 1943, а, по причине войны, в 1945, но оставлен при Управлении лагеря в г. Соликамск. В связи с окончанием войны был освобожден вовсе и в августе 1946 вернулся в Ленинград, но жить в последнем мне не было разрешено, и я в последующие годы проживал и работал в г. Луга. В 1956 мое дело было пересмотрено и прекращено за недоказанностью предъявленного мне в 1938 г. обвинения. В том же году я был восстановлен сначала в ГЭ и потом в ЛГУ, где проработал до 1974".</ref>
Сотрудник Эрмитажа до конца жизни. Активно участвовал в работе постоянно действующего семинара ленинградских иранистов (осн. в 1966). Наряду с эпиграфикой и материальной культурой средневекового Ирана, Кавказа и Ср. Азии, темой, к которой Гюзальян обращался на протяжении всей своей научной жизни, был персидский национальный эпос "Шах-наме".