Много труда было вложено и в редакторскую работу, и в сотрудничество в энциклопедиях и коллективных монографиях.
После 1992 года Бабкен Арутюнян оказался практически изолированным в Москве, оставаясь ведущим научным сотрудником ереванского Института искусств. Это обстоятельство роковым образом сказалось на судьбе его научного наследия. В Ереване погибли ценнейшая библиотека (ок. 5000 томов) и архив ученого, которые он собирался передать в [[Музей литературы и искусства имени Е. Чаренца|Музей литературы и искусства им. Е. Чаренца]], рухнули надежды на публикацию подготовленных трех томов «Летописи», охватывающих 1961–1987 годы (87 авт. л.) и фактически завершающих советский период в истории армянского театра. Однако все это не сломило воли Б. Арутюняна к научной работе, и в 1990-е годы он создает летописи жизни и творчества двух крупнейших деятелей армянской сцены — [[Папазян Ваграм Камерович|Ваграма Папазяна]] (37 авт. л.) и [[Адамян Петрос Иеронимович|Петроса Адамяна]] (31 авт. л.), также без надежды на публикацию.
Все эти годы Бабкен Арутюнян старается по возможности участвовать в культурной жизни московской армянской общины. Недавно им был прочитан доклад «Армяне в Москве», написана рецензия на книгу Ф. А. Аракелян «Иноэтническая пресса в России. По материалам армянской печати» (СПб., 2004).