В 1919 г. Л.А.Оганесян переезжает в Ереван. В Армении в это время свирепствует малярия. Смертность только от этого заболевания превышала рождаемость. Л.А.Оганесян поднял на I Всеармянском съезде врачей вопрос об организации борьбы с малярией, возглавил созданную комиссию. Была организована малярийная амбулатория, начаты работы по осушению болот, обучению методам профилактики и др. Велась и большая научная работа. Был открыт Институт тропической медицины (второй в СССР) - ныне Институт вирусологии, издавался журнал "Малярия", одним из редакторов которого был Л.А.Оганесян. Результатом этих усилий явилось полное искоренение малярии в Армении.
===Научная работа по истории медицины===
Вопросами истории медицины Л.А. Оганесян начал заниматься еще с 1913 г. по предложению кузена его отца - крупного историка Лео. После переезда в Армению Л.А.Оганесян получил возможность изучать предмет в богатой древними и средневековыми рукописями Эчмиадзинской библиотеке, для чего выучил древнеармянский язык – грабар. Уже в 1928г. он издал монографию "История медицины в Армении с древнейших времен до наших дней", которая в дальнейшем была опубликована на грузинском и немецком языках. Итогом многолетних исследований стало издание монументального 5-томного труда "История медицины в Армении", где обобщены медицинское наследие армянского народа, его вклад в мировую медицину.
В 1956г. Л.А.Оганесян был приглашен в Испанию на Международный конгресс историков медицины. Свой доклад он представил на французском языке, которым владел в совершенстве. В докладе было доказано существование в древней Армении большого числа медицинских учреждений, где проводилось изучение анатомии и физиологии. Приводились сведения о различных лекарственных средствах, применяемых в Армении в античную эпоху, перешедших затем из армянской медицины в арабскую, а позднее - в европейскую, а не наоборот, как считалось раньше.
В 1958 г. в Монпелье на 16 Международном конгрессе его доклад вновь вызвал повышенный интерес. Работы в области истории медицины принесли ему мировое признание. Он был избран академиком Международной Академии историков медицины. Этого звания в СССР удостоился только Л.А.Оганесян.
==Исследования минеральных вод Армении==
Не раз из древних манускриптов, да и от своих больных он узнавал о чудодейственных минеральных источниках Армении. В 1925 г. он обратился в Наркомздрав Армении с предложением провести исследования минеральных вод. Вскоре началось изучение источников Арзни, а позднее Джермука, Дилижана и других. Результаты превзошли все ожидания, и уже в 1925 г. было начато сооружение санаторного здания. Так определилось будущее курорта Арзни, ставшего кардиологической здравницей всесоюзного значения, где в 1927-1960 гг. Л.А.Оганесян являлся бессменным консультантом.