В 2001 году Сергей Алиханов избран академиком Российской Академии Естественных наук. Является вице-президентом отделения литературы РАЕН. За роман «Оленька, Живчик и туз» в 2005 году был награжден медалью М.Ю. Лермонтова. Живёт и работает в Москве.
Творчеству Сергея Алиханова канал РТР (студия «Лад») посвятил часовой фильм, который неоднократно показывался по центральным каналам. Стихи Сергея Алиханова вошли в поэтические антологии ХХ века — «Строфы века-1» и «Строфы века-2», переведены на иностранные языки.