С 1982 - в запасе. Работал инженером в ОКБ имени [[Микоян Анастас Иванович|А.И. Микояна]].
С 1996 - на пенсии. Жил в городе Жуковский Московской области, в Москве. Закончив летную карьеру, Эдуард Ваганович переселился в Ростове-Ростов, оставив свою квартиру в Москве. Здесь, в кругу любящих людей, наконец он обрел семейное счастье и уют. Он обожал охоту, рыбалку, любил путешествия на-Донуавтомобиле. В 82 года он за рулем совершил поездку к друзьям в Москву, затем в Нижний Новгород и Саратов, преодолев три с половиной тысячи километров. Он очень любил жизнь, во всех ее проявлениях, и эту черту сохранил до последних дней. Эдуарда Вагановича не стало 6 апреля 2009 года. Подвело сердце, вынесшее столько перегрузок.