В 1988 г. институт был закрыт, студенты армянского и русского отделений переведены в [[Ванадзорский государственный университет имени О. Туманяна|Кироваканский педагогический институт]] (студенты азербайджанского отделения — в Кировабадский). Однако спустя несколько недель, после Спитакского землетрясения, они были вынуждены вернуться в Степанакерт, где вуз был восстановлен под именем Степанакертского филиала Кироваканского педагогического института.
В 1992 г. на базе степанакертских филиалов Кироваканского педагогического института и [[Государственный инженерный Национальный политехнический университет Армении|Государственного инженерного университета Армении]] был образован Нагорно-Карабахский (Арцахский) государственный университет.