28 апреля 2012 года выдвинул свою кандидатуру на пост президента НКР. Получил на президентских выборах 2012 года 32,5 % голосов избирателей (22 966 человек), уступив действующему президенту [[Бако Саакяну|Бако Саакяну]], набравшему 66,7 % голосов.
Во время наступательных действий предпринятых Азербайджаном 2-5 апреля 2016-го года на границе с Республикой Арцах, принял руководство Аскеранским оборонительны центральным оборонительным районом.
Благодаря грамотным и своевременным действиям предпринятым Виталиям Баласаняном, были провалены наступательные планы Азербайджана на центральном направлении.