В 1987 году он получает степень доктора Биохимии в Массачусетском Технологическом Институте.
В 1988 году Афеян в Кембридже, штат Массачусетс основывает компанию PerSeptive Biosystems. Будучи генеральным директором PerSeptive Biosystems он Нубар так же становиться учредителем и соучредителем многих других биохимических компаний, среди которых ChemGenics Pharmaceuticals приобретенная в 1997 году Millennium Pharmaceuticals, Exact Sciences (NASDAQ:EXAS), Agenus (NASDAQ:AGEN) и Color Kinetics, которую в 2007 году купила Philips.За последние двадцать лет он основал и способствовал становлению 18 новых фирмВ 1998, после того как его компания PerSeptive была приобретена компанией Applera Corporation, которые успешно работают в сфере биологических наук Афеян становиться старшим вице-президентом и применения технологий. Свое первое венчурное предприятие основал главным бизнес директором в октябре 1987Applera Corporation.
В 1999 году основал компанию Flagship Ventures, которая занимается венчурными капиталовложениями и предпринимательскими проектами и владеет инвестиционным портфелем в размере 1 миллиард долларов.