1997 году Millennium Pharmaceuticals, Exact Sciences, Agenus и Color Kinetics, которую в 2007 году купила Philips.
В 1998, после того как его компания PerSeptive была приобретена компанией Applera Corporation, Афеян становиться становится старшим вице-президентом и главным бизнес директором в Applera Corporation, где он инициировал и руководил созданием компании Celera Genomics.
В 1999 году основал компанию Flagship Ventures, которая занимается венчурными капиталовложениями и предпринимательскими проектами и владеет инвестиционным портфелем в размере 1 миллиард долларов.