Афеян основал или запустил множество компаний в том числе Affinnova, Adnexus (приобретена компанией Bristol Myers Squibb), BG Medicine, BIND Therapeutics, Celexion, Eleven Biotherapeutics, Ensemble Therapeutics, Joule Unlimited, LS9, Midori, Moderna Therapeutics, Permeon Biologics, Pronutria Biosciences and Seres Health.
В 2007 году Афеян и изобретатель Дэвид Берри основали компанию Joule Unlimited , которая занимается солнечной энергетикой. В 2010 и 2011 годах Joule Unlimited была названа журналом Technology Review одной из 50 наиболее инновационных компаний.