Вардан Тоганян является автором более 10 научных трудов и монографий, посвященных проблемам развития Новых независимых государств, региональных и межнациональных конфликтов, проблем национальной толерантности.
*Социально-политические и экономические аспекты армяно-российских отношений в условиях переходного периода : автореферат дис. ... доктора политических наук : 22.00.05. - Москва, 2000