Родился в 1861 г. в Ереване в потомственной знатной семье.
Окончил ереванскую прогимназию. Юрист по образованию. С 1879 года перешел на государственную службу. Занимал ряд должностей, был чиновником по особым поручениям при губернаторе. В течение службы достиг чина надворного советника.
Был избран градоначальником Еревана в марте 1904г. и пребывал в должности до конца 1910 г., во второй раз – в феврале 1912 г. В 1914 г. оставил должность из-за болезни.
==Разное==
*Сменил на должности старшего брата – [[Мелик-Агамалян Исаак Каграманович|Исаака Мелик-Агамаляна]].
*Он пересмотрел план города, начал строительство новых домов в центре — на улицах Астафьян (ныне Абовяна), Тер-Гукасян, Докторской (ныне Туманяна).
*Иван Мелик-Агамалян уделял большое внимание культурной жизни города, при нем была открыта первая городская библиотека. Английский сад, находившийся в запущенном состоянии, был очищен, осушен.