Музей русско-армянской дружбы появился как структурное подразделение Областного музея краеведения (ГБУК РО) в 1972году1972 году.
До 2007 г. он находился в здании церкви армянского монастыря [[Церковь Сурб Хач (Ростов-на-Дону, Россия)|Сурб Хач]] (Святой Крест). После передачи храма в ведение Армянской Апостольской Церкви, Министерство культуры Ростовской области приняло меры, обеспечивающие сохранность музейных предметов, которые находились в основном корпусе музея краеведения в рамках «Музея народов Дона». Армянскую общественность не устраивала сложившаяся ситуация и, после проведенной работы было решено восстановить «Музей русско-армянской дружбы» под названием.