Изучал рекомбинацию у актиномицетов, молекулярные механизмы мутагенеза убактериофагов, генетический контроль синтеза ДНК и метаболизмануклеиновых оснований у бактерий.
Воспитал большое число учеников, среди которых В.Г.Дебабов,С.В.Каменева, В.Н.Крылов, С.З.Миндлин, Э.С.Пирузян, В.В.Суходолец,А.И.Степанов, Н.К.Янковский и многие другие.
В течение ряда лет С.И. Алиханян занимался преподавательской деятельностью, будучи профессором кафедры генетики МГУ. С.И. Алиханян - один из организаторов Всероссийского общества генетиков и селекционеров им. Н.И. Вавилова, на учредительном съезде которого был избран его первым вице-президентом.
С.И. Алиханян являлся членом редакционной коллегии журнала "Genetics". Велики заслуги Большая заслуга С.И. Алиханяна в организации и руководстве отечественного журнала "Генетика".
Важнейшим организационным итогом деятельности С.И. Алиханяна было создание ГосНИИгенетики, который в настоящее время является ведущим биотехнологическим институтом РФ и центром современной молекулярной генетики микроорганизмов.
Воспитал большое число учеников, среди которых В.Г.Дебабов,С.В.Каменева, В.Н.Крылов, С.З.Миндлин, Э.С.Пирузян, В.В.Суходолец,А.И.Степанов, Н.К.Янковский и многие другие.
==Сочинения==
Автор работ, посвященных генетической рекомбинации у актиномицетов, генетическому взаимодействию актиномицетной клетки и актинофага, генетическому контролю синтеза ДНК у бактерий и фагов, а также молекулярным механизмам мутагенеза у бактериофагов и генетическому аппарату тиминового метаболизма фага.
==Достижения==
=Библиография=
*Саркисян С. Т. Энциклопедия Арцах-Карабаха. Спб., 2005. - 312 с.: ил. ISBN 5-9676-0034-5
*[http://www.defense-chelny.ru/article/articleprint/379/-1/33/index.html Ассоциация выпускников РЭА им. Г.В.Плеханова]
*[http://www.img.ras.ru/history/?mode=edit#link7 ИСТОРИЯ ИНСТИТУТА МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ РАН]
*http://persona.rin.ru/view/f/0/23974/alihanjan-sos-isaakovich
*Биологи. Биографический справочник. Киев. 1984. С.14
*http://www.biogweb.ru/personde749b346ab8b0fa4a65c2077b33bed3.html